Την εταιρεία διοικεί το Διοικητικό Συμβούλιο που αποτελείται από εννέα (9) συμβούλους, μετόχους ή μη. Οι σύμβουλοι είναι πάντοτε επανεκλέξιμοι και ελεύθερα ανακλητοί. Τα μέλη του Δ.Σ. εκλέγονται από τη  Γενική Συνέλευση και για θητεία, η οποία δεν υπερβαίνει τη θητεία των Δημοτικών Αρχών. Εξαιρουμένου του Πρόεδρου, ο Διευθύνων Σύμβουλος της Εταιρείας και τα εκτελεστικά μέλη του διοικητικού συμβουλίου, όπως ορίζεται στο οικείο καταστατικό, δεν μπορεί να είναι αιρετοί εκπρόσωποι των δημοτικών ή περιφερειακών συμβουλίων των μετόχων ΟΤΑ. Ο Δήμος Αλεξανδρούπολης ορίζει τα επτά (7) μέλη του Δ.Σ., ο Δήμος Σουφλίου ορίζει ένα (1) μέλος του Δ.Σ. και ο Δήμος Σαμοθράκης ένα (1) μέλος του Δ.Σ.

Η σύνθεση του Διοικητικού Συμβουλίου έχει ως εξής:

Πρόεδρος

Ιωάννης Ζαμπούκης, Δήμαρχος Αλεξανδρούπολης

Αντιπρόεδροι:

Παναγιώτης Καλακίκος, Δήμαρχος Σουφλίου

Αθανάσιος Βίτσας, Δήμαρχος Σαμοθράκης

Διευθύνων Σύμβουλος:

Τατούλη Παρασκευή, Νομικός με ειδίκευση στην περιφερειακή Ανάπτυξη/ Εκτελεστικό Μέλος

Μέλη:

Γεώργιος Κουκουράβας, Πολιτικός Μηχανικός

Γεώργιος Παζαρλιώτης, Πολιτικός Μηχανικός

Σπυρίδων Καραλής, Νομικός

Μαγδαλινή Μιχαλίτση, Λογίστρια

Ιωάννης Ναϊτίδης, Αντιδήμαρχος Δήμου Αλεξανδρούπολης